Erst 1997 nahm der Wiederaufbau des Stühlerbaus endlich konstruktive Züge an: Der britische Architekt David Chipperfield wurde von der Stiftung Preußischer Kulturbesitz mit den Planungen zum Wiederaufbau des Neuen Museums betraut.

1999 wird die Museumsinsel Berlin in die Liste des UNESCO-Welterbes aufgenommen. Auch wurde in diesem Zuge beschlossen, ganzheitlich zu planen und bei der Sanierung der Einzelgebäude auf der Museumsinsel nach dem Gesamtkonzept "Masterplan Museumsinsel" vorzugehen, was letztlich auch dem Neuen Museum zugute kam.

Im Jahre 2003 schließlich war die Planungsphase beendet und es wurde endlich praktisch mit dem Wiederaufbau des Neuen Museums begonnen.
Erster konkreter baulicher Schritt zum Wiederaufbau des Gebäudes war daraufhin die bautechnisch extrem aufwändige Sicherung der alten Fundamente und der verbliebenen Mauern.

Vier Jahre später, am 21. September 2007, konnte bereits das Richtfest gefeiert werden.